结合畜禽养殖环境污染防治和粪水资源高效安全利用的重大需求，中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所针对我国畜禽粪便污染严重、资源潜力巨大等问题开展了研究及示范，建立了我国第一套畜禽养殖业源产排污系数核算方法，解决了畜禽养殖业污染底数不清、特征和成因不明、减排贡献无法定量评价的技术瓶颈，为控制畜禽养殖业污染物排放提供了依据和方法，为资源化利用技术与工程的开发和设计提供了数据基础。同时，还率先提出了“三改两分”工艺，发明了粪水自动分离圈舍和配套收集分离设备、污水和沼液浓缩技术、粪便发酵过程氨回收利用技术；构建了中国版的畜禽粪便综合养分管理系统，开发了带有计量、消毒、路径记录等功能的粪水运输专业车辆，为粪便集中处理实现商业化持续运行提供支持；率先开展了三种模式的示范，成果已在11个省的2687个养殖场废弃物处理工程中应用。