生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤，促使被土壤固定的养分释放。生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来提高土壤固定肥料的利用。生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活，而生物菌肥的功能菌可能不适合某些土壤环境。
　　生物菌肥，就是在有机肥料中加入有益生物菌群，起到固氮，降解土壤中的有机养分抑制土传病害和改良土壤的作用。肥料中的菌只有施入地里发挥作用，而生物有机肥以城乡工农业有机废弃物如草炭、农作物秸秆、畜类粪便为载体配合无机营养元素制成，适应各地土壤肥力和作物生长需求的系列生物活性有机肥。生物有机肥含有生物活性物质的生理调节功能，及无机化肥的速效性和有机肥的长效性，可实现有机、无机平衡。
　　有机肥主要来源于植物和(或)动物残体和粪便中，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及氮、磷、钾在内的丰富元素，不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。生物菌肥是活体肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。因此，微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。（巴克）