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　  有效期及有效活菌数
　　目前，我国微生物肥料有效菌存活时间超过1年的不多，所以选购的菌肥要尽快使用，存放时间过长，其菌种的休眠状态可能被破坏。菌肥有效活菌数达不到标准的菌肥不能购买，国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克（颗粒1亿/克），复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克，如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。
　  温湿度、土壤及施用时期
　　施用菌肥的最佳温度是25℃～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差，对高温、低温、干旱条件下的果树不宜施用。固氮菌肥最适湿度土壤的含水量是60%～70%，对含硫高的土壤，不宜施用菌肥，因为硫能杀死生物菌。生物菌肥不是速效肥，在果树的营养临界期和营养大量吸收期前7～10天施用，效果最佳。
　　用量及混用方法
　　菌肥虽好，但也并不是施用越多就越好，盲目大量施用生物菌肥，会增加肥料投入成本，降低作物的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。
　　菌肥可与化肥混合使用，如过磷酸钙等施入土壤后易被固定，与菌肥混合施用，可减少养分固定、流失，而且单独施用大量的化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生副作用，如果与菌肥混合施用，则会减少此类问题发生。但不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合施用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌，可以先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。
　　另外，菌肥不会直接提供植物营养，而是经过分解和转化才能为作物所用，所以不要指望菌肥能给作物提供大量营养。（中肥）