金针菇菌丝洁白、粗壮或外观呈细粉状，生活力强，后期在培养料上成丛出现子实体为优良菌种。菌丝不能向下深入生长，出现吐黄水现象为老化菌种，不能使用。
    蘑菇菌丝灰白、微带蓝色、细线状，没有黄白色菌丝为优良菌种。菌丝淡黄色、萎缩为劣质菌种。
    香菇菌丝洁白，呈棉毛状，生长均匀，易形成原基者为优良菌种。瓶内菌丝稀疏，菌丝脱壁、萎缩为退化菌种或老化菌种。
    草菇菌丝呈白色、透明状，为幼龄菌种。菌丝呈黄、白色或灰白色、透明状为适龄菌种。菌丝浓密，上层菌丝萎缩，为老龄菌种。过嫩过老的菌种，都不可用于栽培。
    平茹菌丝洁白、浓密、粗壮、呈棉毛状，有爬壁现象为优良菌种，用木屑培养的菌种，被分解的木屑呈淡黄色，并有少量原基出现，为优良菌种。若菌丝稀疏或成束状，脱离瓶壁并萎缩，菌瓶基部有黄色积液，或培养料表面出现霉点的均为劣质菌种。