在暴雨洪水期间，粪池满溢，死亡畜禽尸体以及各种污物、垃圾随洪水流淌，会造成畜禽舍、水源、环境严重污染，细菌、病毒大量繁殖，成为传染源，极易引起畜禽发病。在大洪水过后，为了切断传染源，消灭病原体，预防和控制疫病流行，必须对畜禽舍、环境、水源、用具等进行严格科学地消毒，具体做法如下。
　　畜禽舍及环境消毒
　　首先，养殖户要进行彻底清扫和清洗，对于被洪水淹过的畜禽舍，要清除淤积的泥土、砂石、粪便等各种污物。按照一定顺序进行清扫和清洗，先棚顶，后墙壁，再地面，先室内后室外逐步进行，绝不留死角。彻底清扫清洗以后，就可以进行化学消毒。一般要求使用2-3种不同作用类型的消毒药品，进行3次以上的消毒。第1次消毒可用碱性消毒药，比如1%-3%的火碱，用来粉刷地面、天棚、墙壁等；第2次消毒可用氧化剂进行喷雾消毒；第3次用甲醛熏蒸消毒。对于周围环境、道路，推荐用10%-20%漂白粉混悬液或者是干粉撒布。
　　水源及饮用水消毒
　　饮用水井被洪水淹没之后，我们要先把井水淘净，清除淤泥，每立方米水加入漂白粉6-10克，将井封闭6-10个小时；饮水消毒方法就简单多了，将水放在饮水器或饮水槽内让畜禽饮用，选择有效、安全且又无毒、无副作用的消毒剂，常见消毒剂有：漂白粉、过氧乙酸、百毒杀。
　　畜禽场用具消毒
　　畜禽场里的用具、用品种类繁多，这些用具及用品的材质、用途各不相同，因此消毒方法也不一致。工具类的，可用高锰酸钾熏蒸，饲槽、料桶、饮水器、水槽、水桶等，要先用2%火碱刷洗，再用清水冲洗干净使用；运输车辆要进行喷洒消毒，工作服等可以用紫外线灯照射灭菌。
　　带畜禽消毒
　　在畜禽存栏时，我们可以进行喷雾消毒，这样比较全面彻底，既可以直接杀灭隐藏于畜禽舍内环境的病原微生物，又能杀灭畜禽体表、呼吸道浅表滞留的病原体。对于鸡的马立克氏病、传染性法氏囊病、新城疫，猪的蓝耳病、猪瘟、传染性胃肠炎等疾病有良好预防作用。此外，还可以沉降粉尘、提供湿度、净化空气，有效改善畜舍环境。
　　在具体操作时，要让喷雾器喷头向上喷雾，使雾滴向下落，雾滴小为好。常用带畜禽消毒药使用浓度推荐如下：百毒杀0.015%；过氧乙酸0.2%-0.4%；次氯酸钠0.2%-0.25%。 （据科普中国）