针对产业中存在的核心与共性问题，“十三五”开展联合攻关合力推进完成几项重大任务。
　　针对南方几个省（区）黄龙病危害较严重的情况，组织品种、苗木繁育、栽培、病虫害防控、机械化等岗位专家开展黄龙病发生的规律研究，寻找防治的新技术，试验示范综合防控措施，使黄龙病在疫区得到有效控制，并有效防控向非疫区扩散。在疫区，通过示范推广无病毒大苗、生态建园、清除病树和有效防控木虱等技术，实现柑橘有效生产。在非疫区，重点加强病害和木虱检测，为防控黄龙病扩散和扑灭提供科学依据。与此同时，研发黄龙病快速检测技术、筛选耐病品种和品系等研究。
　　针对目前产业结构仍然存在中间大两头小的问题，从品种培育、栽培措施、产后贮藏等途径，进一步优化结构，选育晚熟宽皮橘、杂柑、脐橙品种，扩大晚熟品种的比例，推进柑橘鲜果周年供应。
　　针对劳动力成本上升影响竞争力问题，从机械、育苗、栽培与肥水管理、采后技术等方面开展研究和示范，探索轻简栽培和生产模式，降低成本提升产业竞争力。