菌肥是从自然界中采集到的固氮活性菌种，经科学配方、组合加工研制而成的一种无公害新型复合生物肥。在施用过程中，必须注意以下七个要点，才能确保菌肥有效。
    看田间状况对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。
    根据土壤墒情施用菌肥的最佳温度是25℃～27℃，低于5℃、高于45℃，施用效果较差。同时还应知道，固氮菌适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度最为适宜。
    不能与某些肥药混用为防止活菌致死，千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。
    与化肥混用要注意用量高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
    因量制宜对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥，不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代理应做到第一、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。
    因时制宜生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果最佳。
    不同菌肥不宜混用目前，市场上的菌肥种类很多，其所含的活性菌不同，它们之间是否有相互抵制作用还不是很清楚，若相互抵制，则会降低肥效。
    生物肥有效活菌看不见、摸不着，怎么辨真伪？
    从外包装上判断一是检查包装上是否有农业部颁发的微生物肥料登记证。由于生物有机肥是一种具有特殊功能的肥料，产品登记是在农业部微生物肥料登记中心进行，并由农业部颁发肥料登记证。二是检查包装上是否标注有效活菌数。
    如果没有，就是假冒伪劣产品。三是检查包装上是否标有产品生产日期和有效期。因为生物有机肥料中的特殊功能菌种是活的、有生命的，随着产品保存时间的延长，特殊功能菌种的有效活菌数会不断减少，所以产品有效期标得太长是对用户不负责。
    看产品是否均匀生物有机肥料的关键作用是靠具有特殊功能的微生物菌种实现的，产品含水量太高或太低都不利于菌种的存活，所以从含水量参考判断比较直接。
    看产品是否有效生物有机肥料的关键作用是通过具有特殊功能的微生物菌种实现的，假如产品中没有这些具有特殊功能的微生物菌种或其含量不高、能力不强，施用效果可想而知。（农化）