苹果圆斑根腐病的发生往往从树体地上部分开始，症状有以下三种类型。①萎蔫型：病株萌芽后整株或部分枝条生长衰弱，叶簇萎蔫，叶片向上卷，小而色浅，新梢抽生困难，花蕾皱缩不能开放，或开放不坐果；枝条失水皱缩，有时表皮干死，翘起，呈油皮纸状。②青干型：上一年或当年染病、病势发展迅速的病株在春旱、气温较高时常呈现青干型。病株叶片骤然失水青干，多数从叶缘向内发展，但也有沿主脉向外扩展的。在青干与健全叶肉组织分界处有明显的红褐色晕带，严重青干的叶片不久即脱落。③叶缘焦枯型：春季不于旱时表现此种症状。病势发展较缓，病株叶尖或边缘枯焦，中间部分保持正常，病叶不会很快脱落。
    根系先从须根(吸收根)开始发病，病根变褐枯死，然后延及肉质根，在肉质根上围绕病须根的基部形成一个红褐腐烂小圆斑，随着病斑的扩大及相互愈合，深达木质部，使整段根变黑死亡。病根逐级蔓延，使支根、侧根、仁根依次得病，并在各级根上出现大小不等的圆形或近圆形病斑，在此过程中病根也可反复产生愈伤组织并再生新根，病健组织交错病部变为凸凹不平。